Novembre 2016 /258

Do it yourself !

Une salle informatique portable en sciences de la vie

Alors que la bioinformatique a connu un essor fulgurant ces dernières années, y compris à l’ULg où une finalité spécialisée a vu le jour en septembre 2011 au sein du master en biochimie, biologie moléculaire et cellulaire, le département des sciences de la vie vient de se doter d’une salle informatique dite “portable”. Une première au sein de l’Université.

« Nous sommes actuellement, aussi bien en biologie qu’en médecine, dans une phase de recherche où il y a une explosion des données, annonce Patrick Meyer, récemment engagé comme chargé de cours en faculté des Sciences. Grâce aux nouvelles technologies, on arrive à séquencer les génomes et à mesurer l’activité de plusieurs milliers de composants à l’intérieur d’une cellule avec une facilité inégalée. Toutes ces nouvelles données obligent les chercheurs à utiliser l’informatique pour les analyser. »

SirjacobsMeyerSous ses airs numériques, la bioinformatique n’est pourtant pas si récente, son premier boom datant des années 2000. « En faculté des Sciences appliquées, les ingénieurs en informatique se sont très tôt intéressés à la bioinformatique, précise Patrick Meyer. Ce qui est beaucoup plus récent, c’est la très grande demande de ces compétences, aussi bien dans la recherche en sciences biologiques et biomédicales que dans le secteur privé. »

Photo : Damien Sirjacobs et Patrick Meyer

Aujourd’hui, les ordinateurs sont tout à fait indissociables de la recherche. « Prenez l’exemple du décodage du génome humain, poursuit notre interlocuteur. On en comprend à l’heure actuelle l’équivalent d’un petit pourcentage, mais il reste une très grande majorité à décoder et c’est un“ texte” qui compte trois milliards de lettres ! Il nous faut donc des outils puissants pour pouvoir travailler. » Il existe deux modèles de travail au sein de la bioinformatique : le plus conventionnel, le modèle classique, repose sur une équipe travaillant avec ses propres bioinformaticiens, en général des informaticiens ou ingénieurs. « Le modèle qui se met en place actuellement, et que l’on défend en faculté des Sciences, est celui du chercheur biomédical ou biologiste qui maîtrise suffisamment bien l’outil et la technologie pour ne plus avoir besoin d’une aide extérieure. »

Message compris : la Faculté s’est dotée de 60 ordinateurs portables et, tout récemment, d’un serveur. « C’est une grande salle informatique que nous avons mise en place avec un crédit pédagogique de 10 000 euros à peine, à l’aide de notre assistant Damien Sirjacobs, et avec le soutien des présidents de département, Patrick Motte et Denis Baurain, ainsi que celui du doyen Pascal Poncin », expose Patrick Meyer. Le concept repose sur une idée simple : la puissance de calcul nécessaire a été exportée sur un serveur extérieur. « C’est un concept efficace car il suffit de mettre à jour le serveur pour que tous les étudiants aient le même outil dans leurs mains, l’ordinateur n’étant plus finalement qu’une sorte de terminal qui se connecte au serveur via son navigateur web. »

Une démarche qui renouvelle la façon de penser la salle d’informatique : « Outre le fait qu’elle soit amovible, elle est composée d’unités très simples, peu coûteuses, et beaucoup plus faciles à gérer puisque seul le serveur nécessite un entretien. » Et les avantages sont légion, y compris dans l’égalité de l’apprentissage des étudiants. « Toutes les machines mises à disposition des étudiants sont équivalentes et les ordinateurs tournent déjà sous Linux. Bref, tout le monde est placé d’emblée au même niveau », se félicite le chercheur qui pense que le modèle pourrait se généraliser pour d’autres enseignements.


Bastien Martin
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